La aerolínea Avianca suspendió los vuelos desde y hacia Manta por la presencia de aves en las inmediaciones de la pista del Aeropuerto General Eloy Alfaro. En un comunicado la empresa anunció que esto representa un riesgo para las operaciones en la terminal aérea. La presencia de aves en las proximidades de aeropuertos representa un peligro significativo para la aviación. Estas pueden ser succionadas por los motores de las aeronaves, causando daños o accidentes. En 2024, la Dirección General de Aviación Civil (DGAC) de Ecuador reportó 12 incidentes relacionados con aves en aeropuertos nacionales, tres de ellos en Manta. Según las autoridades, la presencia de aves se debe a la falta de mantenimiento. Tras el anuncio, el Municipio de Manta señaló el viernes 27 de junio del 2025 que inició los trabajos de limpieza en la pista.

En su cuenta de la red social X informó que intervendrá la pista con maquinaria como motoniveladoras, cargadoras, volquetas y bombas de fumigación. El objetivo es eliminar la vegetación que atrae a las aves. El cabildo informó que esta intervención, coordinada con el Comité Aeroportuario, responde al compromiso de garantizar la operatividad segura del aeropuerto. Para los pasajeros afectados, Avianca ha habilitado tres alternativas. Cambiar su itinerario sin penalidades ni recargos tarifarios para viajar hasta 30 días después de la reanudación de operaciones. También pueden modificar el destino final a Guayaquil, o solicitar un reembolso total del boleto antes del 31 de julio de 2025 a través del canal de compra original.