La Fiscalía formuló cargos contra Johana Núñez, prefecta de Santo Domingo de los Tsáchilas, por presunto enriquecimiento ilícito y pidió prisión preventiva. La audiencia se realizó el 2 de septiembre de 2026 en Quito, ante una jueza de corrupción. El Ministerio Público expuso declaraciones patrimoniales y una variación de patrimonio durante su gestión. La jueza suspendió la diligencia para deliberar sin decidir aún medidas cautelares; no existe orden de prisión.
La investigación involucra también a Wilmer Rivas, Fabián Rivas y Gabriel Rivas, quienes no fueron procesados por ser candidatos y gozar de inmunidad electoral. La audiencia original del 25 de agosto se aplazó mientras se verificaba su condición ante el CNE. Núñez, prefecta desde 2019 y reelegida en 2023, rechaza las acusaciones calificándolas de «calumnia» y asegura colaborar con la justicia. El proceso se suma a investigaciones previas por peculado en 2021, cuando allanaron el Gobierno Provincial y su domicilio.
