La presencia de grupos criminales en los 78 espacios naturales terrestres y marinos que constan en el Sistema Nacional de Áreas Protegidas pone en riesgo a la flora y fauna que es conservada en aproximadamente 26 millones de hectáreas.
El Parque Nacional Sumaco Napo – Galeras es una fusión de selva y páramo que se extiende en 206 150 hectáreas en la zona norte de la Amazonía. Allí está el único volcán asentado en su totalidad en la Amazonía con una elevación de 3 732 metros, 15 guardaparques custodian esta área.
La presencia de mafias pone en riesgo los cedros, colorados, porotillos, palmas como chonta y la chambira, jaguares, pumas, tigrillos y perezosos de la zona. La minería ilegal en las inmediaciones del río Punino ha afectado unas 800 hectáreas en 2023.
El sonido de motosierras y detonaciones a causa de la minería ilegal también espantan la vida en el Parque Nacional Podocarpus que se extiende en 138 492 hectáreas entre Loja y Zamora Chinchipe. En la zona están asignados 26 guardaparques, hay más de 600 especies registradas que también son traficadas.
Se pueden encontrar pavas de monte, loros, colibríes, tucanes. Destacan también mamíferos como el ciervo enano, el puma, venados y el lobo de páramo, osos de anteojos y tapires. En el sector se evidencia una disminución significativa de aguas naturales en las quebradas que desembocan en el río San Luis por su uso en el lavado de oro por los mineros.
La explotación de la vida silvestre por rutas para el narcotráfico es el problema principal de la Reserva Ecológica Arenillas, en la provincia de El Oro, 13 527 hectáreas son cuidadas por 12 guardianes. Hay guayacanes, algarrobos, bosques de manglar y la zona protege la mayor cantidad de matorrales secos del país.
Está atravesada por los ríos Zarumilla y Arenillas, así como por la carretera que va desde Arenillas a Huaquillas. Por más de 60 años fue un área militar con 11 destacamentos. Según la Asociación de Guardaparques, para resguardar todos los espacios, están asignados 620 custodios en Ecuador continental y 300 en Galápagos.
