El SNAI prioriza recuperar el control penitenciario, reorganizar la población y fortalecer la disciplina institucional. Coordina con la Policía Nacional, las Fuerzas Armadas y el CNI para identificar riesgos, prevenir desórdenes y orientar operaciones. También refuerza la disciplina del personal y evita faltas del Cuerpo de Seguridad y Vigilancia Penitenciaria. Entre 2024 y 2026 hubo 523 sanciones por faltas graves y muy graves: 265 destituciones, 209 pecuniarias y 49 suspensiones sin remuneración; 82 destituciones son de 2026. El censo penitenciario concluido en junio de 2026 consolidó una base actualizada y centralizada, con registros biométricos y fichas electrónicas, para conocer la población, su situación jurídica y sus necesidades.
Mauricio Mayorga Vallejo, director del SNAI, destacó 15.607 reubicaciones y 9.786 traslados estratégicos en 2025– 2026 para reorganizar la población, redistribuir riesgos y fortalecer el control interno. También resaltó la apertura del Centro Santa Elena N.° 1 (Cárcel del Encuentro), que refuerza la autoridad y los controles para privados de libertad de alto riesgo. En La Roca (Centro Femenino Guayas N.° 3) hay filtros de ingreso, vigilancia permanente y celdas individuales. Estas medidas se replican a escala nacional, según el riesgo de cada centro, para evitar objetos prohibidos, detectar amenazas y preservar el orden y la integridad de la población y del personal. En el Centro de Rehabilitación Social Guayas N.° 4, la vigilancia cuenta con presencia militar.
